LŠDPS struktūroje veikia padaliniai, kuriuose profesinės sąjungos nariai atstovauja narius pagal interesų grupes.
Šiuo metu veikia šios padalinių struktūros:
- Pagalbos mokiniui specialistų centras (PMSC)
- Ikimokyklinio ugdymo įstaigų darbuotojų centras (IUĮDC)
- Muzikos, meno ir dailės mokyklų mokytojų centras (MMDMMC)
